Saisie des observations pour le CORA Isère
(données iséroises seulement)

sur tableur Excel

Mode d’emploi / recommandations

Vdoc2.0 - 072002

I - Introduction

Ce document constitue le mode d’emploi pour l’informatisation des observations d’oiseaux, d’amphibiens, de reptiles et de mammifères en Isère, destinées au CORA Isère avec l’aide d’un tableur de type Excel. Ce document doit être utilisé avec le fichier " Obs38.xls " qui est le cadre de référence proposé pour transférer par informatique ses données au CORA Isère.

II - Matériel nécessaire

Par défaut, le fichier fourni est à utiliser avec le logiciel Excel 5.0/95 ou supérieur avec un PC sous Windows. Sur demande, nous pouvons fournir également d’autres formats de fichiers pour tableur, sur plate-forme PC sous Windows 3.1 ou supérieur. Pour les postes sous Linux ou MacOs, nous consulter.

III - Contenu du fichier

Le fichier Obs38.xls est un classeur Excel qui comporte 6 feuilles différentes dont le contenu est le suivant :

• Obs38 : il s’agit de la feuille dans laquelle les observations seront saisies ; le détail des colonnes est présenté dans le chapitre IV. Les feuilles suivantes sont une aide à la saisie. On peut les consulter, y faire des recherches, mais pas les modifier.

• RefEspèces : cette feuille de référence contient une liste très complète des oiseaux, mammifères, reptiles et amphibiens. La colonne A contient un code pour chaque classe animale traitée (O pour oiseaux ; A pour amphibiens ; R pour reptiles ; M pour mammifères). La colonne B contient un numéro d’ordre systématique. La colonne C contient un code pour chaque espèce. Ce code est basé, sauf exception, sur les trois premières lettres du nom latin du genre et les trois premières lettres du nom latin de l’espèce (exemple : Turdus merula = TURMER, merle noir en français). Les colonnes D et E contiennent respectivement le nom français et le nom latin de l’espèce. Dans la colonne D, certains noms figurent en capitales : il s’agit de cas particuliers (par exemple lorsque seulement le genre a pu être identifié) qui ne figurent pas dans les listes officielles de référence (par exemple la liste de la commission de l’avifaune française). Enfin, il faut savoir qu’en cas d’ambiguïté, c’est le nom latin qui fait référence SAUF lorsque le nom français (souvent en capitales) est suivi d’une astérisque ; dans ce cas le nom français fait référence, car plus précis ou pertinent. Exemple : TURSP, GRIVE SP*, Turdus sp. ; le nom français est plus restrictif que le genre Turdus qui comprend en plus des grives certains merles.

• RefSites : cette feuille de référence contient une liste des sites référencés par le CORA Isère. Cette liste évolue rapidement et des mises à jours peuvent être demandées. La colonne A contient le numéro de la commune : il s’agit du code INSEE de la commune sans le code départemental pour les communes iséroises (code à trois chiffres). Les quelques communes hors Isère sont par contre codées à 5 chiffres : code INSEE départemental + communal. La colonne B contient un numéro d’ordre pour chaque site rapporté à une commune (notez que la commune dans son ensemble a comme numéro de site le 0). La colonne C contient le nom de la commune, la colonne D celui du lieu-dit et, la colonne E la précision de la localisation et la colonne F les numéros INSEE des communes également concernées par le site (cas des sites à cheval sur plusieurs communes, voir ci-après). A noter que dans la colonne E de précision de la localisation sont référencés les doublons de lieux-dits (doublons dans une même commune). Ils figurent entre crochets ([]) avec une localisation faisant référence à un autre lieu-dit afin d'éviter toute confusion.Concernant les règles de définition des sites, merci de vous reporter à l’annexe 1.

• RefDates : cette feuille contient une liste de codes à utiliser lorsque la date précise n’est pas connue. Par défaut, le code " 0 " doit être utilisé (date précise connue, c’est à dire jour, mois, année). Dans tous les cas une date doit être saisie dans la colonne appropriée et le cas échéant précisée par un code. Dans le cas des codes 3 à 5 qui correspondent à un découpage du mois en décade, la date du milieu de décade concernée est à saisir. Ainsi, une observation réalisée sans plus de précision que " les dix derniers jour du mois de mai 2023 " sera codée de la manière suivante : colonne DATE : 25/05/2023 ; colonne PRECISDATE : 5.

• RefNidif. : cette feuille contient les codes de nidification pour les oiseaux utilisés par le CORA Isère. Si vous utilisez les codes de nidification avec 16 critères, nous pouvons fournir une table de conversion.

• RefStatut : cette feuille contient des codes de statut. La liste est volontairement réduite à ce qui nous semble le plus nécessaire et pertinent au regard de l’utilisation qui pourra être faite des données. Les statuts de nidification pour les oiseaux ne doivent être utilisés qu’exceptionnellement : les critères de nidification (voire précédemment) sont à privilégier impérativement. La valeur " ? " (statut indéterminé) est à saisir par défaut.

IV - Détail de la feuille Obs38

C’est donc dans cette feuille que les données doivent être saisies. Les colonnes utilisées sont les suivantes :

• DATE : la date est à saisir en " format long " ; exemple : 23/09/2023. Une date saisie peut-être rendu imprécise avec l’aide de la colonne suivante.

• PRECISDATE : le code à saisir est " 0 " lorsque la date précise est connue. Sinon, se référer à la feuille du classeur intitulée " RefDates ".

• NUMCOM : si possible, renseigner ce champ avec le code commune issu de la feuille " RefSites ".

• NUMSITE : si possible, renseigner ce champ avec le code site issu de la feuille " RefSites " (cette dernière ne devant jamais être modifiée). Si le site n’existe pas dans cette feuille, laissez cette colonne vide et remplissez les colonnes qui suivent dans la feuille de saisie des données " obs38 " (COMMUNE, LIEU-DIT, LOCALISATION). Attention ! un site est défini par un lieu-dit ET son éventuelle localisation. Enfin, n’hésitez pas à demander une mise à jour de la feuille " RefSites ".

• COMMUNE : inscrivez ici en capitales le nom de la commune. Nous vous demandons de bien veiller à ce qu’il soit correctement orthographié en prenant comme référence la feuille " RefSites ".

• LIEU-DIT : inscrivez ici le nom du lieu-dit en prenant pour référence une carte IGN au 1/25000. Merci de vous référer à l’annexe 1 pour la définition des sites d’observation.

• LOCALISATION : précisez ici la localisation du site par rapport au lieu-dit. Merci de vous référer à l’annexe 1 pour la définition des sites d’observation.

• CODLAT : inscrivez ici le code latin d’après la feuille " RefEspèces ". Attention ! il existe quelques doublons dans les codes (voire annexe 2). Si vous ne les connaissez pas, ne vous fiez pas à votre mémoire des noms latins pour remplir cette colonne. En effet une erreur à ce niveau et la donnée est perdue ou pire fausse. A défaut, entrez le nom français, si possible en respectant l’orthographe de la feuille " RefEspèces ". Rappelons que nous prenons TOUTES les observations d’oiseaux, d’amphibiens, de reptiles et de mammifères sur le département de l’Isère.

• NOMBRE : cette colonne est à remplir avec des chiffres précis (pas d’estimation, uniquement des données de comptages ou des minima).

• MALE : cette colonne est à remplir avec des chiffres précis (pas d’estimation, uniquement des données de comptages ou des minima).

• FEMELLE : cette colonne est à remplir avec des chiffres précis (pas d’estimation, uniquement des données de comptages ou des minima).

• NSA : cette colonne permet de noter sous quelque forme que ce soit, le nombre, le sexe, et l’âge (NSA). Vous pouvez y inscrire des fourchettes, des estimations, vos propres codes (quelques, +ieurs...), abréviations etc.

• STATUT : utilisez, si nécessaire, les codes de la feuille " RefStatut ". Rappel : les codes concernant la nidification ne doivent être utilisés que si le code spécifique nidification de la colonne suivante ne peut être utilisé. Attention ! le statut s’applique à cette observation et non pas à ce que l’on sait (ou croit savoir !) du statut de l’espèce sur le site à travers d’autres dates d’observation.

• NIDIFICATION : utilisez les codes de la feuille " RefNidif ". Attention ! le statut de nidification s’applique à cette observation et non pas à ce que l’on sait (ou croit savoir !) du statut de l’espèce sur le site à travers d’autres dates d’observation. Si un code de nidification est saisi, la colonne " statut " ne doit pas être renseignée avec un " PO ", " PR " ou " CE " (voir ci-dessus).

• OBSERVATIONS : libre expression !

• OBSERVATEUR : inscrivez ici votre code observateur (n’hésitez pas à nous le demander), ou à défaut vos nom et prénom.

• CONFIDENTIEL : conformément au code de déontologie du CORA Isère (si vous ne l’avez pas, demandez le !) vous pouvez demander à ce que certaines de vos données ne soient pas utilisées sans votre accord (sauf dans le cadre de synthèses très générales) en inscrivant " O " dans cette colonne. Par défaut, inscrivez " N ".

• TRANSFERT : utilisez cette colonne pour vous y retrouver dans ce que vous aurez transmis au CORA Isère. Inscrivez par exemple " 1 " dans la colonne lorsque la donnée a été transmise.

• NUMOBS : il s’agit de mettre votre numéro d’observation. Veillez à ce que ce soit une valeur unique dans cette colonne (pas de doublons). L’expérience montre que c’est très utile en cas de problème (perte partielle de données, effacement malencontreux de quelques lignes : oui mais lesquelles !) et pour synchroniser vos observations avec la base du CORA Isère. C'est aussi important pour vous en cas de fausse quot; manipe " au cours de votre propre saisie! Bien sûr, ce numéro ne doit jamais être modifié.

• NUMPOSTE : c’est un code interne au CORA Isère pour identifier l’origine de la saisie des données. Par défaut inscrivez dans cette colonne votre numéro d’observateur (n’hésitez pas à le demander).

• NUMCORA : c’est un code interne au CORA Isère pour identifier chaque donnée saisie (c’est l’équivalent de votre colonne NUMOBS, mais pour l’ensemble des données qui arrivent au CORA Isère). Par défaut, cette colonne est vide. Elle peut dans certains cas être utile pour la synchronisation des données avec le CORA Isère (cas des " gros " observateurs qui ont plusieurs milliers ou dizaines de milliers de données).

• ETUDE : c’est un code interne au CORA Isère pour faire le lien avec des études. A laisser vide par défaut.

V - En guise de conclusion

Traiter des observations avec un tableur n’est guère idéal. Il s’agit cependant du type de programme le plus répandu qui permette de saisir un grand nombre de données.

Si vous informatisez beaucoup d’observations, et que vous souhaitez pouvoir optimiser leur gestion, le CORA Isère peut mettre à votre disposition sous certaines conditions un logiciel performant de gestion de bases de données.

Concernant la fréquence du transfert des observations au CORA Isère, nous partons sur la base d’un envoi annuel. Cependant, a partir de 500 observations, un envoi peut être effectué.

Certains trouverons sans doute que ce que nous demandons (bien sûr, chacun fait pour le mieux !) est bien contraignant : ils découvriront vite par eux-mêmes que les règles que nous proposons servent non seulement à faciliter le travail du gestionnaire de la base de données du CORA Isère, mais elles éviteront de nombreux déboires et pertes de temps à l’observateur qui veut informatiser et gérer ses données !

POUR TOUT RENSEIGNEMENT

cora.38@free.fr

Tél. 04 76 63 26 22, Fax 04 76 00 04 47
Demandez David Loose

Le travail de coordination et de gestion des données est soutenu par le Conseil général de l'Isère, dans le cadre du programme AP1 issu de DOP

Annexe 1

Définition et référencement des sites d’observations naturalistes au CORA Isère

La gestion de la localisation des observations naturalistes sous forme informatique pose un certain nombre de problèmes spécifiques qui nécessitent une attention particulière. Ces problèmes sont liés à l’échelle de perception spatiale de l’observateur (et de l’animal observé : la précision de la localisation n’a pas la même pertinence pour un coléoptère ou pour un héron cendré) ; à l’outil utilisé pour localiser l’observation (échelle de la carte, coordonnées géographiques...) ; aux outils de gestion des données (bases de données relationnelles ou non, systèmes d’information géographique...). Il est donc nécessaire de définir le cadre précis dans lequel on travaille, les objectifs d’analyse et de traitement, les classes animales traitées et en fonction de tous ces éléments les outils à utiliser. Il s’agit également d’être pragmatique par rapport à la façon dont les naturalistes ont l’habitude de travailler : rien ne sert de définir un protocole s’il n’est pas (ou ne peut pas être) utilisé par les personnes qui fournissent les données.

Le cadre général est le suivant : l’objectif est de pouvoir repérer la zone géographique d’observation d’oiseaux, d’amphibiens, de reptiles et de mammifères dans le cadre d’observations non systématiques (hors études particulières). Ce repérage doit pouvoir être fait par n’importe quelle personne, au moindre coût et sur un support garantissant la pérennité des données (" mon jardin " comme localisation ne permet pas de savoir où l’observation a été réalisée, et la donnée sera rapidement inexploitable...).

Une longue réflexion et plusieurs années de pratiques ont abouti aux principes suivants :

Un site d’observation d’oiseau, de reptile, d’amphibien ou de mammifère est repéré à l’échelle d’une carte IGN au 1/25000. Ce site est de dimension variable, en général de 150 m à 300 m autour du lieu précis de l’observation (du moins de l’emplacement de l’espèce... et pas de l’observateur !). Dans le cas de sites bien circonscrits (lacs, par exemple), la " taille " du site peut être plus grande : ce qui compte c’est une localisation pragmatique des observations.

Cette définition spatiale nous semble cohérente du point de vue :

- de la perception des observateurs sur le terrain ;

- de la biologie des espèces des classes animales considérées ;

- de la précision nécessaire pour localiser des données " tout venant " (récoltées sans méthode particulière) ;

- des supports de cartes disponibles.

Pour nommer ce site on recherchera le lieu-dit le plus proche figurant sur une carte IGN au 1/25000. Ce lieu-dit sera le lieu-dit de référence. Le site d’observation sera ensuite localisé par rapport à ce lieu-dit (S pour sud, NE pour nord-est, (S) pour la partie sud du lieu-dit...les parenthèses ne devant être utilisées que lorsque cela semble nécessaire). Enfin, on recherchera sur quelle commune se situe le site d’observation (au cas où celui-ci est situé sur plusieurs communes on retiendra comme commune de référence celle dont la plus grande surface est concernée).

En résumé, nous définissons un site d’observation par trois éléments :

- le lieu-dit le plus proche d’après une carte IGN au 1/25000 ;

- la localisation par rapport à ce lieu-dit ;

- la commune sur laquelle se trouve le site d’observation.

Cette définition, dans le cadre défini, permet de traiter 99 % des cas pour 99 % des observateurs et doit être (notamment pour le % restant !) basée sur une approche pragmatique du problème.

Dans certains cas (qui sont rares), il peut y avoir un intérêt particulier à procéder à une localisation plus précise. Vous avez toujours la possibilité de préciser encore des éléments de repérage dans le champ " observations ", mais cela peut s’avérer insuffisant. Exemple : dans la forêt au lieu-dit Tartenpion, commune Zorglub, niche un grand pic à queue fourchue, nouvelle espèce pour la science ! La cavité de nidification est connue. Dans ce cas, on comprend aisément que le lieu-dit seul est un peu " léger " pour décrire la localisation de cette observation extraordinaire (si c’était une observation de pic épeiche il aurait largement suffit par rapport à l’utilisation de cette donnée).

Il faut dans ce cas fournir une localisation en utilisant des coordonnées géographiques. Celles-ci peuvent être issues soit d’un GPS, soit d’une lecture directe sur carte IGN au 1/25000 DISPOSANT DU QUADRILLAGE UTM/WGS84. Si vous ne savez pas ce que cela veut dire, inutile de nous transmettre des coordonnées géographiques : il y a de fortes chances qu’elles soient incomplètes ou erronées ! (prenez préalablement contact avec nous).

Si vous utilisez déjà un autre système de coordonnées, prenez contact avec nous pour convenir du format de transfert.

Enfin, si vous êtes amenés à nous transmettre des coordonnées géographiques, ce qui doit être justifié par un intérêt particulier, et TOUJOURS en plus de la localisation " traditionnelle ", nous demandons qu’elles soient au format du système de coordonnées UTM/UPS, Datum WGS84 et sous la forme suivante (exemples) :

N’hésitez pas à nous contacter si vous avez le moindre doute.

Précisons, pour ceux qui travaillent sur base de données relationnelle, et pour information, que les sites sont gérés dans une tables à part, liée à l’observation par le numéro de commune et le numéro de site, alors que les coordonnées UTM destinées à préciser la localisation sont directement rattachées à chaque observation.

Enfin, concernant la forme, quelques recommandations peuvent être émises :

- respectez rigoureusement l’orthographe et la typographie des cartes IGN au 1/25000 ;

- lorsque le site est sur plusieurs communes, le code INSEE des communes secondaires est à noter dans la colonne communes (avec un " s " cette fois-ci !) ;

- le nom usuel d’un site (nom qui ne correspond pas forcément au nom figurant sur les cartes IGN) peut être noté entre parenthèses dans la colonne " Localisation ".

Le tableau ci-dessous donne quelques exemples :

Annexe 2

Liste des doublons dans les codes latins